Guanidine Thiocyanate wurdt brûkt as biomedisyn, gemyske reagentia, ensfh. It kin brûkt wurde as chaotropyske agint en denaturant om sellen te denaturearjen en te spjalten, RNA en DNA te ekstrahearjen, en as adsorbint fan DSSC om de konverzjetaryf fan DSSC te ferbetterjen.